Interface Alignable

Method Details

• getRows

  int getRows()

• getCols

  int getCols()

• getAligMat

  AligMatEl[][] getAligMat()

• setAligMat

  void setAligMat(AligMatEl[][] alignmentMatrix)

• getGapExtCol

  float getGapExtCol()

• setGapExtCol

  void setGapExtCol(float penalty)

• getGapExtRow

  float getGapExtRow()

• setGapExtRow

  void setGapExtRow(float penalty)

• getGapOpenCol

  float getGapOpenCol()

• setGapOpenCol

  void setGapOpenCol(float penalty)

• getGapOpenRow

  float getGapOpenRow()

• setGapOpenRow

  void setGapOpenRow(float penalty)

• setScore

  void setScore(float score)

• getScore

  float getScore()

• getPathSize

  int getPathSize()

• setPathSize

  void setPathSize(int pathSize)

• setPath

  void setPath(IndexPair[] path)

• getPath

  IndexPair[] getPath()